CREST：v4入口与已有集合统计

有些入口负责产生结构，有些入口只统计已有结构。本例把显式 --v4 小例与独立集合熵后处理放在同一资料包中，帮助分清计算顺序和输出含义。

1. 读取实际采样结果#

下载完整输入、实际原生输出与读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-entropy-entries
bash read.sh
bash plot.sh

默认读取附带结果，数据在 analysis-read，图片在 figures，不会重新计算。

2. 运行显式v4入口#

使用同一份9原子中性乙醇输入，在已分配的CPU资源内：

~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz \
  --v4 --gfn2 --quick --mdlen 0.1 --mddump 10 --T 2 --keepdir

本例个人独立CREST 3.0.3回显 --v4 : iMTD-sMTD，随后实际执行采样与结构处理。单片段长度0.1 ps，保存间隔10 fs；多批次的快照不能直接当成一条连续轨迹。

grep -E 'v4|completed successfully' reference-results/v4-mode/native.log
head -11 reference-results/v4-mode/crest_dynamics.trj.xyz
head -11 reference-results/v4-mode/crest_conformers.xyz

本次共保存54个快照，最后保留1条构象记录。图中横轴是跨批次的保存序号，不是连续物理时间，也不据此求跃迁速率。

3. 核对最终能量#

资料包对最终几何独立做GFN2单点：

module load xtb/6.7.1
xtb input.xyz --gfn 2 --chrg 0 --sp --parallel 2

与原生最终能量的差约 8.12×10⁻⁸ Eh。下载最终结构数据CSV。这只确认本次输出的对应关系，不表示短搜索已经找全乙醇构象。

4. 不要把v4、完整熵流程和独立统计混为一谈#

--v4 是此版本的一组采样控制；专门的 runtype="entropy" 完整熵流程还包含自己的采样、热化学和外推处理；--forall ... --entropy 则读取已有集合。本篇没有把一次v4正常退出当成完成了完整熵收敛研究。

实际选择请按目标使用完整熵采样、已有集合统计或普通MD与续算。

5. 整包提交#

bash submit.sh
# 结束后
bash read.sh work-new analysis-read
bash plot.sh

脚本还会运行一次缺少核等价文件的诊断对照，该目录的报错是已明确保留的对照；匹配文件和去重后的正式结果位于另外的目录。阅读自己的结果时，保持结构、能量、原子顺序及集合元数据来自同一次兼容流程。