CREST：独立集合熵的文件与去重
准备核等价文件，比较含重复记录与去重后集合的温度统计，区分构象贡献与绝对分子熵。
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已有结构与能量时，可以不重新搜索而进行独立集合熵后处理。本例复用真实乙醇数据，实际运行这一独立入口，说明它需要哪些文件，以及重复记录怎样改变统计结果。
1. 下载并读取温度曲线#
下载完整输入、实际原生输出与读取绘图程序，保存为 example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-entropy-entries
bash read.sh
bash plot.sh
默认读取附带结果，数据在 analysis-read，图片在 figures，不会重新计算。
2. 准备坐标、集合和核等价信息#
ls inputs/standalone-deduplicated
cat inputs/standalone-deduplicated/anmr_nucinfo
head -11 inputs/standalone-deduplicated/ensemble.xyz
需要 input.xyz、ensemble.xyz 和匹配原子顺序的 anmr_nucinfo。本例核等价文件来自同一输入的已完成CREGEN处理，不能随意复制另一个分子或另一套原子编号的文件。
如果从新的搜索结果开始，先按集合整理与统计教程整理结构、生成相应信息，并保留完整目录；本包已附可直接读取的匹配文件。
3. 再运行独立入口#
在已分配CPU资源、匹配文件目录中：
~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz \
--forall ensemble.xyz --entropy 298.15 --noref --gfn2 --T 2
环境为个人独立CREST 3.0.3，GNU Fortran与MKL构建。需要首次建立入口时，在分配的CPU作业内运行 bash build-private.sh。本步骤只读取已有结构与能量，不重新搜索、优化或计算Hessian。
它与 --cregen ... --entropy 的CREGEN扩展是不同入口。初次不带核等价文件运行时，本例确实提示 no "anmr_nucinfo" file；资料包保留缺文件对照，正确输入位于另外的目录。
4. 为什么先去重#
原集合含4条记录，其中有一条重复；去重后为3条。本次各记录作为未分组的独立条目进入统计，没有额外分组转子或镜像因子。298.15 K的输出为：
| 集合 | 记录数 | 构象统计S / cal·mol⁻¹·K⁻¹ |
|---|---|---|
| 原始集合，含重复 | 4 | 2.354435 |
| 去重集合 | 3 | 1.631729 |
重复文件不能自动解释为真实简并度。若使用分组转子、镜像或对称性信息，应按实际集合元数据处理，不能简单将本例的“每条一份”规则套到所有流程。
5. 读取温度表#
grep -A 18 'CONFORMATIONAL quantities' \
reference-results/standalone-deduplicated/native.log
cat analysis-read/CREST-standalone-entropy-temperature.csv
本次实际输出278.15—378.15 K共11个温度，两组共22行。下载温度CSV。独立按输入电子能重建S、Cp、H和G，最大数值差约 5.0×10⁻⁷，对应各列原生单位的显示精度。
这里是给定有限集合的构象相关量，不是加入全部平动、转动、振动后的绝对分子熵，也不证明构象采样充分。完整采样与RRHO的区别见完整熵采样流程。