CREST：任务入口与实例导航
按计算目的找到搜索、属性、溶剂、反应候选和恢复教程，理解版本与停用入口。
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CREST的命令既有搜索算法，也有结构集合后处理和独立计算。按目标选择入口比照着一串参数反复尝试更清楚。下面整理本专题已有实际运行的教程，并将版本与恢复文件分别说明。
1. 按计算目标选择教程#
| 要完成的任务 | 具体入口或重点 |
|---|---|
| 构象搜索 | --v2、默认迭代搜索、快速设置 |
| 溶剂和非共价复合物 | 隐式溶剂与显式复合物的区别 |
| 单点、结构优化 | 原生能量、梯度和XYZ |
| 多帧单点、优化、筛选 | singlepoint_ensemble、ancopt_ensemble、screen_ensemble |
| 已有集合整理、比较、原子顺序 | CREGEN、compare、zsort与resort |
| 质子化、去质子化、单结构互变异构 | 原子数、电荷和候选集合 |
| 扩展集合互变异构 | forall、tautomerize2与tdp路径 |
| 立体异构候选 | 立体候选的结构检查 |
| 聚类与代表结构 | 真实柔性分子PCA与聚类 |
| 配体提取与替换 | exlig编号与坐标 |
| 甲酸酸碱集合与pKa | abprep、有效G与热力学校正 |
| 批量偶极、红外属性 | forall prop与autoIR自由能权重 |
| 单结构热化学 | 频率、熵与G修正 |
| 集合RRHO平均 | 按结构集合读取热力学量 |
| 已有集合布居、熵 | 温度、重复、构象族简并度 |
| 完整熵采样流程 | 初始MTD、静态MTD与熵外推 |
| QCG生长 | 溶质、溶剂和簇结构 |
| QCG集合与溶剂化分量 | ensemble、esolv、RRHO与gsolv |
| 反应器辅助与已有轨迹 | 球形约束设置与后续拓扑分析 |
| MSREACT候选 | 畸变候选、碎片和端点优化 |
| 压缩搜索与初始优化 | trialopt与compress区别 |
| RMSD偏置拟合 | 参考能、基础能与偏置系数 |
| 偏置合并后自动继续 | mergebias+到实际优化 |
| 普通MD与RMSD元动力学 | 坐标、速度、偏置和轨迹 |
| 单批MTD到快照优化 | search_1的分阶段文件 |
| MECP两态与采样 | 自旋态、交叉点与采样边界 |
| 数值梯度与Hessian | 数值微分、频率和模式 |
| 软键扫描 | 扫描变量与输出数据 |
| 规则构象生成 | 候选生成到GFN2后处理 |
| Basin hopping | 局部优化、接受和轨迹 |
| 构象搜索检查点恢复 | 3.0.2二进制crest.restart |
| 普通MD完整状态恢复 | 坐标、速度、时间与检查点 |
| QCG已有阶段复用 | 保留阶段文件后继续 |
这些链接对应各自的小体系和具体版本。已有教程不等于每个选项、每个计算后端组合都适用于任意分子；请先按目标教程复现小例，再替换为自己的输入。
2. 确认正在调用哪个程序#
module list
command -v crest
crest --version
公共 crest/3.0.2 与部分教程使用的个人独立3.0.3入口应分清；个人入口由各资料包固定的构建脚本建立。多数使用GNU Fortran和MKL，涉及特殊外部接口的教程会单独给出依赖和构建方式，不要用一个路径覆盖所有个人工具。
3. 用实际结果识别停用模式#
下载完整输入、实际结果和读取绘图程序，保存为 example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-version-modes
bash read.sh
bash plot.sh
默认读取附带结果，CSV在 analysis-read，图片在 figures，不会重新搜索。
本资料包实际比较了非迭代 --v2 与公共3.0.2的旧 --v1。前者生成真实轨迹和2个构象族，后者虽返回0却明确提示整个模式已废弃，没有搜索结果。这不是“系统后台仍在计算”。
grep -i deprecated reference-results/public302-v1-control/native.log
cat analysis-read/CREST-version-mode-controls.csv
旧网页中的MF-MD-GC、内部测试入口与当前面向用户的受支持工作流应分别看待。旧DFT属性捷径在本次维护版本中没有启用对应计算分支；需要DFT精化时，应将筛选结构交给相应DFT程序，按实际接口教程处理。
4. 恢复任务先分清保存了什么#
ls -la
find . -maxdepth 2 -name '*restart*' -print
构象/批量优化的 crest.restart、MD状态文件和QCG阶段目录是不同类型的数据。不要只拿一份XYZ就宣称恢复了速度、随机状态或偏置历史，也不要将3.1的文本重启示例直接用于3.0.2二进制文件。
先备份完整工作目录，再使用上表对应的三类恢复教程。版本、原子顺序、电荷、自旋、方法和原始设置都应匹配；正常退出后继续核对输出结构数、连接关系与计算阶段。
5. 普通用户的推荐顺序#
先跑单结构优化或短搜索；随后整理集合、检查组成与连接关系；再按目的进行聚类、热化学、红外或更高精度精化。反应候选、短MD片段和采样得到的低能结构各有用途，不能直接相互替代成反应速率、实验光谱或完整平衡分布。