CREST：合并偏置后自动续算

已有一组RMSD偏置系数后，希望处理新结构并继续优化，可以使用 --mergebias+。本例接着偏置拟合与应用的九条参考结构，用三个C₇H₁₆目标结构实际运行自动续算。

1. 下载与查看结果#

下载完整输入、实际结果与读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-bias-plus-continuation
bash read.sh
bash plot.sh

这三步读取附带的真实计算结果，生成 analysis-read 和 figures，不会重新提交计算。

2. 准备四类输入#

ls inputs/coupled
head -6 inputs/coupled/energy-pairs.xyz
head -6 inputs/coupled/rmsdpot.xyz
head -6 inputs/coupled/targets.xyz

• input.xyz：主入口参考结构。
• targets.xyz：本次要优化的三条多帧XYZ记录。
• energy-pairs.xyz：九条参考结构及其参考能、基础能标签。
• rmsdpot.xyz：已经拟合的九条RMSD偏置参考和系数。

这些文件保持相同的23个原子及编号。参考能为GFN2，基础方法为GFN-FF，不能把这组参考能称作DFT数据。本次目标来自其中三条结构，将坐标相对质心均匀放大1%以产生可观察的优化变化；旧能量标签已清空，不能继续当成变形后结构的能量。这只是构造起始几何，不代表施加了实验压力。

3. 实际运行命令#

环境为个人独立CREST 3.0.3（GNU Fortran、MKL）和xTB 6.7.1。已有本专题独立入口可共用；首次安装可在分配的CPU作业内执行 bash build-private.sh。

在输入目录、已分配CPU资源内运行：

~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz \
  --mdopt targets.xyz --mergebias+ energy-pairs.xyz \
  --gfnff --legacy --kshift 1 --rthr2 0.1 \
  --optlev tight --T 2 --keepdir

这里 --mdopt targets.xyz 指定后续优化的目标集合，这一步是几何优化，不是分子动力学轨迹。--legacy 使用本例实际应用偏置的外部xTB路径。

--mergebias 负责处理参考与偏置；带 + 的 --mergebias+ 在合并后继续后面的运行任务。本次九条参考已存在，因此提示没有新增结构，rmsdpot.xyz 字节保持一致，随后仍继续优化三条目标，不能将“没有新增偏置参考”理解为“没有继续计算”。

4. 怎样确认确实继续了#

grep -E 'No new structures|Containing|Optimizing all|Optimized ensemble' \
  reference-results/coupled/native.log
head -8 reference-results/coupled/crest_ensemble.xyz

本次日志依次记录偏置合并、读取3条目标、优化3条结构和输出集合。结果在 crest_ensemble.xyz，其能量已经包含本次静态偏置。

5. 整包提交#

bash submit.sh
# 结束后
bash read.sh work-new analysis-read
bash plot.sh

脚本先运行一次自动续算，再对实际输出几何分别计算无偏置与有偏置单点，读取程序汇总为续算CSV。下一篇解释如何比较这些能量与结构。