CREST：非迭代MTD搜索与版本选择

--v2 选择非迭代MTD-GC流程，和通常的迭代搜索设置有区别。本例使用乙醇，实际执行短MTD、快照优化和构象整理，展示如何确认目标流程确实运行。

1. 下载并查看实际结构#

下载完整输入、实际结果和读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-version-modes
bash read.sh
bash plot.sh

默认读取附带结果，CSV在 analysis-read，图片在 figures，不会重新搜索。

2. 完整XYZ与命令#

  9
        -11.39433910
 C          1.2750289644       -0.2515241684        0.0158011367
 C         -0.0145443659        0.5611903010       -0.0327704172
 O         -1.1686977989       -0.2414759555        0.0562651005
 H         -1.1386480109       -0.9029780262       -0.6441512671
 H         -0.0686900525        1.2383402554        0.8227749423
 H         -0.0396518140        1.1636698038       -0.9534096406
 H          2.1345689321        0.4129462594        0.0084166343
 H          1.3022599330       -0.8537018392        0.9208186794
 H          1.3412432661       -0.9152586670       -0.8453575975

使用个人独立CREST 3.0.3，GNU Fortran与MKL构建；独立单点使用xTB 6.7.1。可在已分配CPU作业内执行 bash build-private.sh 建立个人入口，已有本专题入口可复用。

在分配到的CPU资源中运行：

~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz \
  --v2 --gfn2 --quick --mdlen 0.1 --mddump 10 --T 2 --keepdir

--mdlen 0.1 设置片段长度0.1 ps，--mddump 10 为10 fs输出间隔。程序会启动多组偏置采样和后续优化，不能把单片段时长当成整个搜索的累计时长。

--v2 设置非迭代算法控制，但不意味着只做一次能量求值，也不意味着只有一条MD轨迹。本例实际完成6组MTD，并保留8个轨迹记录。输出横幅可能仍使用iMTD-GC家族名称，具体应同时查看命令回显、参数与各计算阶段。

3. 先核对计算过程#

grep 'completed successfully' reference-results/noniterative-v2/native.log
head -11 reference-results/noniterative-v2/crest_dynamics.trj.xyz
head -11 reference-results/noniterative-v2/crest_conformers.xyz
cat reference-results/noniterative-v2/crest.energies

本例得到2个构象族，电子能量跨度约1.55 kcal/mol。集合的不同记录、去重后的构象族与轨迹帧数是三个概念，不能混着统计。

4. 同几何单点对照#

整包已从最终两个结构分别提取几何，用相同GFN2方法独立计算：

module load xtb/6.7.1
xtb input.xyz --gfn 2 --chrg 0 --sp --parallel 2

原生最终能量与独立单点的最大差约 2.55×10⁻⁷ Eh。数据与二面角见构象CSV。

5. 不要只用退出码判断成功#

同一小分子还在公共 crest/3.0.2 上实际调用了旧 --v1。它返回退出码0，却输出：

This runtype has been entirely deprecated.

这个入口没有生成搜索轨迹与构象结果，不能当成完成了MF-MD-GC。该版本提示与正常 --v2 结果都保存在资料包中，可查看版本与输出CSV。

6. 重新提交#

bash submit.sh
# 结束后
bash read.sh work-new analysis-read
bash plot.sh

本例短任务约2.68秒，使用2线程，仅作操作参考，不代表任意分子的性能，也不证明采样充分。完整搜索与后续选择见CREST构象搜索入门。