CREST：旧式reopt的可用操作流程

旧式 --forall --prop reopt 用于对集合逐条再优化。在本次维护版中，原入口曾在写集合后排序时报错；资料包给出独立的最小文件处理修正和实际运行结果。只需要普通批量优化时，也可直接使用现代集合优化模板。

1. 下载和实际结构#

下载完整输入、实际结果、私有构建脚本与读取绘图程序，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-property-hessian-reopt
bash read.sh
bash plot.sh

默认读取附带结果，CSV在 analysis-read，图片在 figures，不会重新求Hessian或优化。

2. 建立个人入口#

在已分配CPU作业内：

bash build-private.sh
cat crest-property-io.patch

入口为 ~/.local/ys-crest-property-tools/bin/crest，固定维护源码、GNU Fortran 13与MKL。补丁关闭写出文件后再交给整理程序，同时读取最终 TOTAL ENERGY，避免新坐标配旧能量。补丁与构建脚本都随包提供，便于保持自己的计算入口明确。

3. 输入与运行#

本例对两个乙醇构象的坐标相对质心放大1%，作为可观察优化变化的起始结构。第一条为：

9
0.0 geometric placeholder, not a calculated energy
C 1.283742500595 -0.254269120483 0.016656197103
C -0.018762645056 0.566516524461 -0.032356891300
O -1.184346310083 -0.244148797667 0.057601799810
H -1.154352627226 -0.911662107438 -0.650415686310
H -0.073073438484 1.250119833859 0.831870930204
H -0.044409617880 1.175360252787 -0.962022503724
H 2.151741636849 0.416891914075 0.007712436720
H 1.312290821841 -0.861403417446 0.931372954461
H 1.349745107048 -0.925387524052 -0.852638609167

这里的0是明确标注的输入占位，不是计算能量；本例再优化会重新计算能量。不要把这样的输入标签拿去做初始能量排序或依赖初始布居的autoIR筛选。

在独立输入目录、分配的CPU资源中运行：

~/.local/ys-crest-property-tools/bin/crest input.xyz \
  --forall ensemble.xyz --prop reopt --gfn2 --legacy --T 2 --keepdir

或在包根目录一次提交全部例子：

bash submit.sh

4. 看优化和集合两个阶段#

grep -E 'Reoptimization|CREST terminated' \
  reference-results/reopt-io-fixed-stretched/native.log
grep 'GEOMETRY OPTIMIZATION CONVERGED' \
  reference-results/reopt-io-fixed-stretched/PROP/TMPCONF1/xtb.out
head -11 reference-results/reopt-io-fixed-stretched/crest_conformers.xyz

不能只看某个子目录的优化已完成，还应检查主流程是否正常输出集合。原版报错记录随包保存，来自文件未关闭导致后续读到0原子的情况；修正后的本次流程已完整生成两条实际结果。

5. 核对最终标签#

grep -E 'total energy|TOTAL ENERGY' \
  reference-results/reopt-io-fixed-stretched/PROP/TMPCONF1/xtb.out
cat analysis-read/CREST-property-fixed-reopt.csv

新起始几何的初始与最终能量差均大于 0.000744 Eh，因此能清楚区分“取初始值”和“取最终值”。本次最终集合标签与相同几何的独立GFN2单点最大差约 4.1×10⁻⁹ Eh。下载再优化CSV。

CREGEN可能对结构做整体平移或旋转对齐，因此同一分子的笛卡尔坐标数字不一定逐项相同。比较是否为相同几何时，应保持原子编号并先对齐；图中也是先对齐后叠加。整体朝向变化不是新的构象变化。

6. 对自己的任务怎么选#

需要旧式属性工作流衔接时使用本篇专用入口；普通集合优化可先选现代模板。优化完成后按实际目标继续做Hessian、能量精化或去重，不将一次优化直接等同于完整采样或全局最低能量搜索。