CREST：原子重编号与构象去重
比较RMSD、重原子RMSD与iRMSD，用四条乙醇记录演示独立SORT入口和两类代表构象。
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同一分子经过旋转、平移或等价氢原子重编号后，普通RMSD可能很大。应先弄清工具如何处理原子对应关系，再判断两条结构是否属于同一类。本篇用四条乙醇记录实际运行独立 --sort 入口。
1. 下载与查看结果#
下载完整输入、实际输出、读取和绘图脚本，保存为 example.zip：
python3 -m zipfile -e example.zip .
cd crest-numhess-sort
bash read.sh
bash plot.sh
默认读取附带结果，CSV写入 analysis-read，图片写入 figures。这些命令不会重新提交计算。
2. 四条输入记录是什么#
cat inputs/sort-inputs/ensemble.xyz
第一条为真实反式构象，第二条为真实gauche构象；第三、四条在第二条上施加刚体运动或等价氢编号交换，专门演示几何判断。后两条沿用原几何的真实能量，不是另外做的量子计算。
每条9原子，第一条完整记录为：
9
-11.391867310820
C 1.177848015156 -0.405109995681 -0.000000001239
C -0.003343705185 0.553046033768 -0.000000003421
O -1.194211267288 -0.206453217244 0.000000004299
H -1.951045461208 0.387708665361 0.000000006931
H 0.038691884259 1.197167620529 0.890933576951
H 0.038691879395 1.197167616327 -0.890933586818
H 2.110452308275 0.152002257705 0.000000011343
H 1.136297166462 -1.038622493908 0.881576378996
H 1.136297180133 -1.038622486857 -0.881576387042
这里三个gauche记录代表相同几何，不意味着真实体系中该构象天然具有三倍简并度。统计热力学前应先确认重复记录和物理简并度的区别。
3. 在独立目录运行SORT#
本例使用个人CREST 3.0.3构建，GNU Fortran 13、MKL。与NUMHESS例子共用一个资料包；首次在分配的CPU资源中运行 bash build-private.sh，再提交 bash submit.sh。
单独运行其中一种排序时，核心命令为：
~/.local/ys-crest-tools/bin/crest input.xyz --sort ensemble.xyz isort --T 2
本篇分别实际执行了下列选择，互不覆盖：
crest input.xyz --sort ensemble.xyz isort --T 2
crest input.xyz --sort ensemble.xyz isort_noid --T 2
crest input.xyz --sort ensemble.xyz allpair --T 2
crest input.xyz --sort ensemble.xyz cregen --T 2
这里简写的 crest 指向上述个人3.0.3程序。isort、isort_noid 为独立SORT的结构比较路径，allpair 输出全部结构对的RMSD；cregen 选择该入口中的CREGEN整理路径。它们不能简单与旧式 --cregen 参数当作同一条内部调用。
4. 去重之后得到什么#
head -11 reference-results/sort-isort/crest_ensemble.xyz
cat reference-results/sort-isort/cre_members
cat reference-results/sort-allpair/cregen_rmsds.csv
本次 isort、isort_noid 与 cregen 都将4条记录整理为2条代表几何。集合成员分成3条gauche和1条anti，具体输出按能量排序。
allpair 输出6个结构对：三条gauche之间的iRMSD为0；anti与gauche之间约0.4109275Å。资料包另用已知的等价氢排列、刚体最优对齐及反演组合独立计算，六对结果的最大差约4.93×10⁻⁸Å。
5. 三种RMSD为什么不一样#
crest --rmsd reference.xyz transformed.xyz --T 2
crest --rmsdheavy reference.xyz transformed.xyz --T 2
crest --irmsd reference.xyz transformed.xyz --T 2
本例比较的是第二条gauche及其旋转、平移并交换等价氢后的第三条记录：
| 指标 | 实际结果（Å） | 本例含义 |
|---|---|---|
| 固定原子编号RMSD | 0.83384990 | 交换氢编号后，固定编号不能正确对应 |
| 重原子RMSD | 0 | 重原子骨架没有改变 |
| iRMSD | 0 | 考虑等价原子排列后，识别为相同几何 |
重原子RMSD忽略氢，并不证明氢构型相同；iRMSD也要结合其允许的对称操作判断。本版本默认允许反演，因此不能用默认iRMSD的零值来证明手性一致。需要保持手性比较时，应明确设置 --inversion off 并验证具体对象。
6. 怎样换成自己的集合#
保持元素组成、电荷、自旋和记录格式一致，将 ensemble.xyz 换成自己的XYZ多结构文件。各模式放入独立目录，先读取代表集合与 cre_members，再决定是否用于后续优化或热力学统计。不同化学组成的结构不能仅按本例的同组成RMSD规则合并。
bash read.sh work-new
bash plot.sh