VTST：NEB转dimer与Lanczos初始结构

下载完整输入、原生输出与绘图资料包，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd vtst-path-seeds
module load ase/3.29.0 vtstscripts/1040
bash read.sh
bash plot.sh

本例调用 VTST scripts 1040 的 Perl 工具，NumPy/ASE 3.29.0/Matplotlib 用于读取和绘图。输入沿用Al(100) CI-NEB 实算的最终结构及 OUTCAR，未重新计算 VASP。体系为 13 个 Al 原子，底部 8 个固定；00、01、02 依次为初态、中间点、末态。

1. 在全新副本生成 dimer 初始结构#

资料包把原计算各点的最终 CONTCAR 作为 inputs/00/POSCAR 至 inputs/02/POSCAR。只在分析副本运行：

cp -a inputs dimer-new
cd dimer-new
perl "$VTSTSCRIPTS_ROOT/neb2dim.pl" 1
ls dim/POSCAR dim/MODECAR dim/INCAR dim/KPOINTS
cd ..

1 选择图像 01。当前脚本优先使用该目录中存在且非空的 CONTCAR，否则读取 POSCAR；本包只放已确定的最终 POSCAR，避免混用旧结构。

生成的 dim/POSCAR 对应图像 01；dim/MODECAR 是结合相邻路径构型生成并归一化的方向。本例整条向量范数为 1，不是每个原子各自归一化。向量是后续最小模搜索的初始猜测，不是已经计算出的负曲率本征向量。

2. 使用个人修正版生成 Lanczos 输入#

当前 scripts 1040 的原 neb2lan.pl 在显式图像编号分支中，读取了编号但没有把它交给后续变量，因此本例传入 1 仍会从错误图像生成种子。资料包只在当前目录生成个人修正版：

python3 setup.py
cp -a inputs lanczos-new
cd lanczos-new
perl ../personal/neb2lan-index.pl 1
ls lan/POSCAR lan/MODECAR
cd ..

修正版把显式编号交给已有后续逻辑；公共安装不变。实际 lan/POSCAR 与图像 01 一致，MODECAR 与 01/02 之间的归一化构型方向一致。dimer 和 Lanczos 的初始方向构造并不完全相同，不能只比较两个文件是否相等来判断正确性。

3. 计算前重新写 INCAR#

两个准备脚本会原样复制 NEB 的 INCAR，只在终端打印建议，并不会替你完成方法切换。不要把生成目录直接当成已经配置好的 dimer/Lanczos 作业。

例如 dimer 的完整基本输入可写为：

cat > dimer-new/dim/INCAR <<'EOF'
SYSTEM = Al100 dimer seed
ENCUT = 450
PREC = Accurate
EDIFF = 1E-6
EDIFFG = -0.02
ISPIN = 1
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
NBANDS = 48
LREAL = .FALSE.
LASPH = .TRUE.
ISYM = 0
ISIF = 2
IBRION = 3
POTIM = 0
ICHAIN = 2
IOPT = 2
NSW = 200
NELM = 150
ALGO = Normal
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
EOF

使用与原路径一致的赝势、KPOINTS 和 VTST 版 VASP。Lanczos 对应 ICHAIN=3，其余参数从原生 Lanczos 操作核对。不要保留 NEB 专属的 IMAGES、SPRING、LCLIMB 或端点能量标签。这里的 NSW=200 是新计算的步数上限，不表示本篇已经运行了该搜索。

4. 检查与后续#

bash run.sh
bash read.sh work-new analysis-new
bash plot.sh analysis-new

这个快捷流程只重做输入准备、投影和结构对齐，不提交 VASP；analysis-new/seeds.csv 与 modes.csv 保存实际种子与方向。后续搜索完成后，还需检查力收敛、鞍点附近结构和振动曲率，不能以“生成 MODECAR 成功”作为鞍点成立的依据。