VTST：bond-boost运行与结果读取

本篇使用个人修正版构建，在8Å晶胞内对H₂做20步NVE短轨迹，步长0.25fs。它用来学习参数与输出；5fs轨迹没有跨势垒统计，不能据此给出稀有事件速率或真实加速倍数。

1. 先看实际对照#

下载输入、实际输出、个人修正脚本与绘图工具，保存为 example.zip：

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd vtst-bbm-conservative
bash read.sh
bash plot.sh

这几步只读取随包结果，不编译或运行VASP。CSV在 analysis-read，图片在 figures。

三种条件使用相同显式初速度和固定种子：

本例 boost 与 quiet 的结构和能量逐步一致。它们与 zero 的差别来自偏置，不来自不同的初速度。

2. POSCAR和初速度#

cat inputs/boost/POSCAR

H2 actual bond-boost comparison
1.0
8 0 0
0 8 0
0 0 8
H
2
Cartesian
3.63 4 4
4.37 4 4
Cartesian
-0.006 0 0
0.006 0 0

最后的两行是初速度，单位Å/fs。这里紧接原子坐标写速度坐标标记；不要在标记前再插入空白段，导致当前读取器没有读入这些速度。重新运行后应检查：

# 正确读入本例初速度时，不应出现这条提示
grep 'No initial velocities read in' work-new/boost/OUTCAR

3. 设置INCAR并理解参数#

SYSTEM=H2 bond-boost short NVE teaching comparison
ENCUT=400
PREC=Accurate
EDIFF=1e-6
ISPIN=1
ISYM=0
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
NELM=120
ALGO=Normal
LREAL=.FALSE.
LASPH=.TRUE.
IBRION=0
POTIM=0.25
NSW=20
ISIF=2
MDALGO=0
SMASS=-3
TEBEG=300
TEEND=300
ICHAIN=6
IOPT=0
NBAS=1
BALIST=1
RMDS=4
QRR=0.5
PRR=0.9
RCUT=1.2
DVMAX=0.02
LBBM=.TRUE.
NCORE=1
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
RANDOM_SEED=12345 0 0

ICHAIN=6 进入bond-boost；NBAS=1、BALIST=1 选第1个原子参与定义偏置键，RCUT=1.2Å是键选择的距离上限。RMDS=4 在个人修正版里使用4个普通MD样本确定参考键长；这只是短小教程参数，正式计算需充分热化。

QRR 控制相对键长变化的尺度，PRR 控制包络形状，DVMAX 是偏置能量标尺。它们都依赖具体体系，不能把0.02eV直接推广到所有材料。

TEBEG=300 同时作为该代码重标时间公式的温度参数。本例是短NVE对照，瞬时动能温度会变化；程序重标时钟不等于已经证实的宏观物理时间。

4. 提交自己的短对照#

先完成个人构建，再准备势文件和工作目录：

python3 prepare.py
for case in boost zero quiet; do
  cp /你的势目录/H/POTCAR "work-new/$case/POTCAR"
done
cd work-new
sbatch ../submit.sh
squeue -u "$USER"

提交脚本按1个MPI进程×56个CPU申请本站整节点，实际每次运行1个MPI进程、1个计算线程，顺序计算三个条件；计费按平台整节点规则。完成后：

cd ..
bash read.sh work-new
bash plot.sh

5. 终端提取与解释#

grep -E 'EPSR_MAX|SUM_V=|Simulation Time=' reference-results/boost/OUTCAR
head analysis-read/VTST-bond-boost-measured.csv

本例偏置段从第5步开始，共16步。末步H—H键长约 0.750888Å，偏置约 0.019991eV，程序重标时钟为 9.621246fs；它是这条短轨迹的输出，不是测出的反应等待时间。

SUM_V 是中间能量和，BOOST_FACT 则是乘包络后的偏置能，尽管名字像“倍数”，其单位仍是eV。程序随后用偏置能和温度构造指数时间因子。不要把 BOOST_FACT=0.02 读作“加速了0.02倍”。

原输出中的部分 Delta_F 摘要字段未可靠赋值，本例不使用这些字段。读取器从实际原子力、键长、偏置公式和力更新后的范数独立核对附加力。可下载全部三种条件的逐步数据，其中 actual_fixed_radial_force_eV_A 是个人修正版采用的径向力；legacy_expression_before_sign_fix_eV_A 保留原符号表达式供理解版本差别。

正式研究还需确认偏置在分界面附近的行为、足够热化、恒温采样和独立过渡事件统计。本例不作这些长时间收敛的结论。