VTST给定模式的结构动画

已有位移方向时，可用dimmode.pl生成沿该方向往复变化的结构。模式的频率或曲率应从对应计算获得，本篇只演示给定方向的几何动画。

下载输入、实际输出、CSV和脚本，先查看已完成的结果：

python3 -m zipfile -e vtst-geometry-cube-modes-wave968-*.zip .
cd vtst-geometry-cube-modes
bash read.sh
bash plot.sh

这两步只读取和绘图，不重新执行工具。版本为VTST scripts1040；Perl模块由vtstscripts/1040提供，数据读取使用ASE3.29.0与NumPy。结构是可公开重建的Si₂斜晶胞教学例，没有新增DFT能量计算。

需要自己重新执行整套小例子时，使用新的解压目录：

module load vtstscripts/1040
python3 setup_cube.py
python3 prepare.py
bash run.sh
bash read.sh work-new
bash plot.sh

setup_cube.py在个人目录生成匹配版本的三次Cube取样脚本，不改变公共安装。已有work-new时保留结果、换新目录。本例为小规模文件处理，大网格处理应按集群规则申请CPU资源。

1 准备模式#

cat inputs/mode/POSCAR
cat inputs/mode/MODECAR

-0.466494398737268 -0.385716147873672 -0.365521585157773
0.466494398737268 0.385716147873672 0.365521585157773

每个原子一行、三个分量，整个模式范数为1。本例两原子相向伸缩，用于演示文件，不据此判断它是实际负曲率方向。

2 生成八帧#

该版本文件使用CRLF行尾，明确通过Perl运行：

perl "$VTSTSCRIPTS_ROOT/dimmode.pl" POSCAR MODECAR 8 0.2

8是帧数，0.2是整个归一化模式的最大位移幅度，单位Å。结果为dimmode.xyz：

head -n 12 work-new/mode/dimmode.xyz

第n帧按以下方式生成：

r(n) = r(0) + 0.2 × sin(2πn/8) × mode

各原子实际位移取决于自己的模式分量。本例每个原子最大位移约0.1414 Å，并非都移动0.2 Å。

3 查看实际帧#

横轴是帧序号，不是时间。这些帧用于展示，不是分子动力学轨迹，也没有对应温度或振动周期。

head -n 15 analysis-read/VTST-native-tool-geometry.csv

可用ASE、OVITO或支持多帧XYZ的结构软件查看dimmode.xyz。原周期晶胞需要单独保存。

4 换成自己的模式#

保持原子顺序一致，确认MODECAR行数等于原子数，先归一化整个向量，再选择合适展示幅度。周期边界附近应检查是否跨边界跳动。

模式来自实际二聚体或振动计算时，沿用同样处理步骤，其科学含义以那次计算的输出为准。