VTST专题

VTST:bond-boost个人构建与适用条件

介绍偏置势、版本中的附加力与热化预处理问题,以及匹配源码的个人修正构建。

更新于 2026-11-14约 2 分钟阅读按任务与环境选择适用配置
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bond-boost通过与键长变化有关的偏置势,使体系更容易离开势阱,可用于研究稀有事件加速。本篇先讲当前构建的条件;下一篇再给出H₂小体系的终端操作与实际对照。

1. 先读取本例#

下载输入、实际输出、个人修正脚本与绘图工具,保存为 example.zip:

python3 -m zipfile -e example.zip .
cd vtst-bbm-conservative
bash read.sh
bash plot.sh

这几步只读取随包结果,不编译或运行VASP。CSV在 analysis-read,图片在 figures。

个人修正版实际H2初始与末态结构

本例使用VASP6.6.1、VTST214代码的个人修正版CPU构建,ifx/Intel oneAPI2024.2、Intel MPI及MKL。它与现有共享模块分开,不能把下文数据归给未经修正的原模块。

2. 为什么要区分个人修正版#

本次实际H₂对照发现,原实现的附加力方向与正偏置势能对应的负梯度相反。另外,热化统计循环会多累计一个样本,却仍按 RMDS 归一化。它们会影响动力学,不能只靠“退出正常”判断。

个人副本修正了三个方向的力投影符号,并让热化样本数与归一化一致。修正后,实际附加力与独立偏置势数值梯度一致;原共享文件保持原样。

这是明确的版本和方法条件。若只想了解操作,可直接读随包结果;要在自己的体系运行,需要匹配且有权使用的VASP/VTST源码与编译环境。

3. 在个人目录构建#

先准备已经正确集成VTST214、具备适配 makefile.include 的VASP6.6.1源码树,再运行:

bash build-private.sh /你的目录/vasp.6.6.1-vtst
ls private-build/bin/vasp_std

脚本复制到当前资料包的 private-build 后再修改,使用4个编译进程,不覆盖来源源码树。修正工具会检查原始 bbm.F 的SHA256,避免把这几行修改盲目应用到别的修订。

# 想查看修正位置,可检查自己副本的差异
 diff -u private-build/src/bbm.before-ys-bbm.F private-build/src/bbm.F

如果来源版本不匹配,应根据对应源码重新判断。资料包不提供VASP源码、可执行文件或POTCAR;没有适配源码时,可先联系技术支持确认运行条件。

4. LBBM在这个版本里的含义#

维护者论坛的历史说明可帮助了解参数背景,但本次对应代码和实算表明:LBBM 控制详细输出。进入 ICHAIN=6 后,即使 LBBM=.FALSE.,偏置计算仍会执行。

因此本例用 DVMAX=0 作零偏置对照,不能用关闭 LBBM 代替关闭偏置。参数含义和实算对照见运行与读取结果。

需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。

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